La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Răcăciuni a județului Putna și era formată din satele Coțofănești și Tămășoaia, având în total 610 locuitori.
În comună existau o biserică și o școală mixtă cu 8 elevi (dintre care 2 fete).
La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei mai funcționau în aceeași plasă și comunele Bâlca și Borșani.
Comuna Bâlca avea 568 de locuitori și era formată doar din satul de reședință, având o biserică și nici o școală, cei 19 școlari (17 băieți și 2 fete) din comună învâțând în comunele vecine.
La fel, și comuna Borșani avea tot doar satul de reședință în compoziție, acest sat avea 551 de locuitori și o biserică; neavând școală, cei 14 școlari din comună învățau, ca și cei din comuna Bâlca, în comunele vecine.
Anuarul Socec consemnează cele trei comune Coțofănești, Bâlca și Borșani, în aceeași configurație în plasa Trotuș a aceluiași județ, având respectiv 823, 665 și 542 de locuitori.
În 1931, comuna Borșani a fost desființată, iar satul său a fost inclus în comuna Bâlca. Ulterior, și comuna Bâlca avea să fie desființată, cele două sate revenind comunei Coțofănești.
În 1950, comuna Coțofănești a fost arondată raionului Adjud din regiunea Putna, apoi (după 1952) din regiunea Bârlad și (după 1956) din regiunea Bacău.
În 1968, a fost transferată la județul Bacău.